核酸提取純化系統是一種用于從樣品中提取純凈核酸的儀器。可以快速、高效地提取純凈的核酸，并且通常具有自動化的功能，以減少實驗中的操作步驟和人工誤差。常見的純化方法包括酚氯仿法、鹽析法、玻璃珠法、硅膠膜離心柱法、磁珠法等。

1、苯酚氯仿法

苯酚氯仿提取DNA是利用酚是蛋白質的變性劑，反復抽提，使蛋白質變性，SDS(十二烷基磺酸鈉)將細胞膜裂解，在蛋白酶K、EDTA的存在下消化蛋白質或多肽或小肽分子，變性降解核蛋白，使DNA從核蛋白中游離出來。而DNA易溶于水，卻不溶于有機溶劑。蛋白質分子表面帶有親水基團，也容易進行水合作用，并在表面形成一層水化層，使蛋白質分子能順利地進入到水溶液中形成穩定的膠體溶液。當有機溶液存在時，蛋白質的這種膠體穩定性遭到破壞，變性沉淀。離心后有機溶劑在試管底層(有機相)，DNA存在于上層水相中，蛋白質則沉淀于兩相之間。利用萃取原理，根據蛋白核酸溶于不同的試劑層，將槍頭伸入不同液層內抽取所需的成分，經多次洗滌后獲得純化核酸。

優點是采用了實驗室常見的試劑和藥品，做起來成本比較低廉。

缺點是由于使用了苯酚、氯仿等試劑，毒性較大，長時間操作對人員健康有較大影響，而且核酸的回收率較低，損失量較大，由于操作體系大，不同實驗人員操作重復性差，不利于保護RNA，很難進行微量化的操作。

2、鹽析法

4、硅膠膜離心柱法
此種方法是利用核酸表面會覆蓋一層由水分子構成的薄膜，在高鹽環境下，這層親水膜會遭到破壞從而核酸可被吸附在離心柱上，而其他雜質如蛋白質、代謝產物等則會被離心沉淀與核酸分離。最后通過洗脫，將核酸從吸附膜上脫離，即可得到純化后的核酸。離心柱純化也是的試劑盒提取中廣泛的使用方法。
但即便如此，離心柱純化法仍存在缺點：高度依賴吸附膜的結合能力；洗脫不完全導致核酸流失；無法大量提取核酸。

5、磁珠法核酸分離技術

攜帶正電荷的磁珠易于吸附負電荷的核酸，主要用于從人血清或血漿樣品中提取DNA 和RNA（例如從血液樣本中檢測HIV 或HBV 病毒基因組的樣品制備）。一般而言，將樣品與結合緩沖液和磁珠混合，核酸與磁珠結合后，經過數次洗滌與磁場捕獲，洗脫下來的核酸即可通過PCR 或其它特定方法來檢測特定的DNA或RNA。磁分離法也是廣泛應用于診斷行業，且能實現高通量、自動化的核酸提取方法。